Para masigurado yan biodegradable na papel ang mga produkto ay nasira nang maayos, mahalagang sundin ang mga partikular na kasanayan sa pagtatapon na nagpapadali sa kanilang pagkabulok. Hindi tulad ng tradisyonal na papel, na maaaring manatili sa mga landfill sa loob ng maraming taon, ang biodegradable na papel ay idinisenyo upang mabulok nang mas mabilis at natural, ngunit ang prosesong ito ay lubos na nakadepende sa mga kondisyon kung saan ang papel ay itinatapon. Ang biodegradable na papel ay kadalasang ginawa mula sa mga organikong materyales tulad ng mga hibla ng halaman o recycled na papel, at ang agnas nito ay pinabilis sa mga kapaligiran kung saan ito ay nakalantad sa kahalumigmigan at mga mikroorganismo.
Upang maisulong ang epektibong pagkasira, ang biodegradable na papel ay dapat na mainam na itapon sa mga pasilidad ng pag-compost na humahawak ng mga organikong basura. Ang mga pasilidad na ito ay nagbibigay ng pinakamainam na kondisyon—gaya ng mga kontroladong temperatura, halumigmig, at aeration—na kinakailangan para mabulok nang mahusay ang papel. Ang pag-compost ay hindi lamang nagpapabilis sa proseso ng pagkasira ngunit ginagawa rin ang papel sa mahalagang compost na nagpapayaman sa lupa. Para sa mga gumagamit ng biodegradable na papel sa mga domestic setting, mahalagang ilagay ang mga produktong ito sa berdeng basurahan o mga home composting system na idinisenyo upang iproseso ang mga organikong materyales. Gayunpaman, mahalagang i-verify na ang mga lokal na programa sa pamamahala ng basura ay tumatanggap ng biodegradable na papel, dahil hindi lahat ng mga sistema ay nilagyan upang pangasiwaan ang mga materyales na ito.
Ang hindi tamang pagtatapon, tulad ng pagtatapon ng biodegradable na papel sa mga regular na landfill o paghahalo nito sa hindi nabubulok na basura, ay maaaring makahadlang sa pagkabulok nito. Sa isang landfill na kapaligiran, kung saan ang mga kondisyon ay madalas na tuyo at siksik, ang biodegradable na papel ay maaaring mabulok nang mas mabagal, na posibleng magpawalang-bisa sa mga benepisyo nito sa kapaligiran. Higit pa rito, kapag ang biodegradable na papel ay hinaluan ng di-organic na basura, maaari itong maging mas mahirap para sa mga sistema ng pagpoproseso ng basura na paghiwalayin at gamutin ito nang naaangkop.
Sa kabila ng mga hamon na ito, biodegradable na papel nag-aalok ng makabuluhang mga pakinabang sa kapaligiran kaysa sa tradisyonal na mga produktong papel. Sa pamamagitan ng mas mabilis na pagkasira at pagbabawas ng akumulasyon ng landfill, nakakatulong ito upang mapababa ang polusyon at pagkaubos ng mapagkukunan. Gayunpaman, ang buong benepisyo ng biodegradable na papel ay maisasakatuparan lamang kapag ito ay itinapon nang tama. Ang wastong pagtatapon ay hindi lamang nagsisiguro na ang biodegradable na papel ay nakakatulong sa pagbabawas ng basura ngunit sinusuportahan din ang isang mas malawak na pagbabago tungo sa mas napapanatiling mga kasanayan. Habang bumubuti ang kamalayan at imprastraktura para sa pag-compost at pangangasiwa ng organikong basura, ang papel ng biodegradable na papel sa pagbabawas ng epekto sa kapaligiran ay nagiging mas epektibo.
